Die Einzelkettenfragmentierung verursacht andere Probleme als die Doppelkettenfragmentierung. Während einfache Kettenbrüche mit männlicher Sterilität in Verbindung gebracht werden, sind doppelte Kettenbrüche mit einem erhöhten Risiko für Fehlgeburten verbunden.
Die Einzelkettenfragmentierung wird hauptsächlich durch oxidativen Stress (Tabak, Alkohol...) verursacht und ist ein viel umfassenderer Fehler, der einen großen Teil der Spermatozoen-DNA betrifft. Dadurch wird die Reparatur durch die Eizelle sehr erschwert, so dass es nicht einmal zu einer Trächtigkeit kommt.
Im Falle der Doppelstrangfragmentierung treten Brüche an bestimmten Stellen auf, die nicht durch ein Enzym namens Nuklease geschützt sind, so dass der Schaden nicht so umfangreich ist und sogar von einer jungen Eizelle repariert werden kann. Wenn diese Fragmentierung nicht repariert wird, entsteht ein Embryo mit Chromosomenveränderungen, die höchstwahrscheinlich in einer Fehlgeburt enden werden.

Je nach Problemstellung der Patienten kann es daher interessanter sein, die eine oder andere Art der Fragmentierung zu untersuchen. Ideal wäre es jedoch, beide Arten der Fragmentierung zu untersuchen, da es bei beiden Probleme geben kann.
